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Filtros para purificar a água do aquário vêem em diferentes modelos e com diferentes funções. Os mais comuns são os filtros de topo, os filtros de fundo (FBF - Filtro Biológico de Fundo), que usa o substrato como meio filtrante, e os filtros tipo canister que ficam totalmente fora do aquário. As plantas liberam o oxigênio que os peixes e os invertebrados precisam e elas são purificadores naturais de água. As plantas irão absorver substâncias como a Amônia e o Nitrogênio liberados pelos dejetos de peixes e invertebrados. Está é uma das razões pela qual sempre se diz: "Se as plantas estiverem sadias os peixes também estarão".

Vamos considerar os filtros sob o ponto de vista das três necessidades essenciais das plantas: Água, Luz e Dióxido de Carbono (CO₂). As plantas aquáticas dependem da água para sobreviver, as plantas mais exigentes que um aquarista cultiva podem sobreviver, no entanto, em um ambiente pobre de nutrientes. Quando a água torna-se muito rica de nutrientes, plantas inferiores como as algas começarão a prosperar e bloquearão as superiores: Suas plantas aquáticas. Mesmo os melhores filtros, sozinhos, não serão capazes de purificar a água e eliminar este problema. É inevitável que o aquarista periodicamente efetue trocas de água como uma medida secundária de purificação.

Se a capacidade de filtragem do filtro é insuficiente, nenhum volume de trocas irá impedir que as algas invadam seu aquário. Os peixes no seu aquário estarão também mais suscetíveis a doenças se seu filtro for mal mantido. As bactérias e micróbios em filtros saudáveis irão combater patógenos e algas, fazendo com que seja difícil que eles prosperem.

Agora, com relação às condições de iluminação, os filtros de topo ou laterais são potencialmente desvantajosos, pois eles cortam e bloqueiam a fonte de luz que as plantas necessitam. Em aquários plantados, a luz deve estar totalmente desimpedida.

Finalmente, vamos discutir sobre o CO2. Filtros que promovem aeração ou que causam grande movimentação na parte superior da água irão vaporizar o CO2. É como sacudir uma garrafa de refrigerante, ao abri-la todo o gás escapa. As plantas não gostam disso tanto quanto nós também não gostamos. Filtros que usam quedas, tubos de ar, chuveiros ou qualquer outro meio em que o ar entre e misture-se com a água, farão com que o CO₂ perca-se. A água pode absorver 70 vezes mais CO2 que o ar, mas este escapa da água muito mais facilidade. Estes filtros só são eficientes para aquários cujo foco principal sejam peixes, mas aquários focados em plantas não devem usar filtros que dispersem o CO2 por turbulência ou por que o ar mistura-se coma água.

O filtro que passa todas as três áreas é um especialmente criado para plantas aquáticas: o filtro de compartimento tipo Canister. Mas, no entanto, um filtro canister não pode compensar as perdas por um retorno tipo chuveiro que cria muita turbulência, a posição do tubo de retorno deve ser abaixo da superfície da água, e você deve esquecer a instalação de borbulhadores.

O método de filtragem tipo FBF com a sucção de cima para baixo pode ter efeitos prejudiciais. Primeiramente não se pode usar fertilizantes no substrato. Segundo, quando o substrato começar a envelhecer ele não será tão eficiente como meio de filtragem, e por último, com o crescimento das plantas suas raízes irão interferir no fluxo d'água através do substrato. No entanto, este método é eficaz nos estágios avançados do aquário plantado, pois traz água oxigenada diretamente para as raízes das plantas e mantém a temperatura entre o substrato e a água constantes. Mesmo promovendo um crescimento inicial rápido de fato ele tonar o aquarium mais sucetível a problemas que irão se desenvolver posterioremente. Obviamente estes princípios não se aplicam aos aquários que estão em contante mudança.

Filtragem Física e Química

Os filtros podem ser divididos ainda em duas categorias - Filtros Físicos e Filtros Biológicos. Filtros Físicos usam carvão ativado ou zeolite para remover amônia e nitrogênio da água. Os Filtros Biológicos comuns usam microrganismos que nitrificam amônia e nitrogênio, isto é, transformando-os em nitratos menos prejudiciais oxidando-os. Ambos os métodos têm suas vantagens e podem ser usados em conjunto em aquários plantados.

Nos estágios iniciais, até que as nitrobactérias tenham se desenvolvido completamente nas mídias filtrantes, a filtragem física com carvão ativado pode ser uma aliada. Mas melhor que usar somente o carvão ativado é por abaixo deste uma camada de material áspero que irá não somente reter partículas como também alimentar as nitrobactérias preparando uma filtragem 100% biológica. O carvão ativado perde sua capacidade de filtragem em uma ou duas semanas. Mas neste tempo os microorganismos irão efetivamente florescer no carvão.

Agora, é muito importante entender o momento da troca da filtragem física para a filtragem biológica. O carvão não deve ser imediatamente removido para converter-se à filtragem biológica, pois a colônia de bactérias poderá não ser forte o suficiente para efetuar a filtragem sozinha de todo o aquário, o que pode fazer com que alguns peixes morram e as algas apareçam. As bactérias em ambas as áreas têm feito seu trabalho até este ponto, tanto quanto foi necessário, conseqüentemente o carvão pode continuar sendo usando como material de filtragem biológica.

Uma desvantagem do carvão é que é um material muito fino e que precisa ser limpo regularmente ara não haverem obstruções no fluxo. Então geralmente ele é substituído por algum material que tenha um tamanho mais adequado e bom para o crescimento das bactérias. Não há regras rígidas quanto à troca dos materiais e julgar o tempo necessário é difícil. Geralmente, o carvão ativado pode ser trocado na primeira ou segunda vez que se fizer manutenção. Quando o carvão ativado for trocado ou limpo, a camada inferior não deve ser limpa até que todo filtro esteja efetuando a filtragem biológica.

Filtragem Biológica

Não é exagero dizer que as condições do aquário dependem da performance da filtragem biológica. Quanto os microorganismos filtrantes estiverem agindo a água ficará limpa como um cristal e não haverá crescimento de algas.

A reação química que expressa o processo de oxidação realizado pelas nitrobactérias é NH3 -> NO2 -> NO3. As bactérias que convertem amônia (NH3) em nitrito (NO2) são chamadas de Nitrossomonas, e as bactérias que convertem o nitrito em nitrato (NO3) são chamadas de Nitrobactérias. Pesquisas mostram que o nitrato remanescente é 70 vezes menos prejudicial que o nitrito, mas se este se acumular na água pode tornar-se prejudicial. Conseqüentemente é necessário efetuar trocas de água mesmo usando-se um filtro topo de linha. Um filtro que elimine completamente os nitratos ainda não foi feito, talvez neste milênio.

Para determinar os níveis de nitrato e nitrito da água, existem vários medidores analógicos e testes com reagentes químicos, Em termos de custo os últimos serão melhores, mas não muito convenientes. Uma boa estimativa destes níveis de nitratos pode muito bem ser feitos pelas medidas de pH. Se a quantidade de nitratos crescer o pH cai, e se a água que está com nitritos altos terá um alto pH. Se o valor do pH estive em 5.0 então é provável que o nível de nitratos esteja alto.

O pH é afetado por dois elementos. O primeiro elemento é o nitrato, pois eles são ácidos. O segundo elemento é quando as nitrobactérias oxidam materiais orgânicos, consumindo oxigênio e liberando CO2. Similarmente, o nível de poluição em um rio é expresso como uma figura chamada DBO. (Demanda Bioquímica de Oxigênio). Isto mostra quanto oxigênio é usado pelas nitrobactérias na oxidação do material orgânico e conseqüentemente é um indicador do nível de desperdício orgânico no rio.